«…Поддержка протокола SFTP обычно обеспечивается реализацией сервера SSH». Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/SFTP

Поэтому качаем по протоколу ssh. Для этого вFTP клиенте FileZilla или WinSCP указываем:
Хост: sftp://ip-адрес сервера
Имя пользователя: root
Пароль
Порт:22

Данные доступа к серверу можно найти на почте (направляются при заказе VDS), либо в биллинге по кнопке «Инструкция»

Соединяемся, попадаем в каталог /root/ , из которого можно перейти на уровень выше в корневой каталог /

Выбираем нужный файл или каталог и перетаскиваем в левую колонку в директорию на Вашем компьютере.