Доступ под root'ом запрещен по умолчанию для ОС семейства Linux. Чтобы работать безопасно, не выдавая пароля root и логируя ошибки, предоставим пользователю контролируемые настройками sudo права суперпользователя.

1. Подключаемся по ssh под user'ом (пароль предоставляется при активацииVDS).
2. Переключаемся в режим суперпользователя su - (минус важен!).
3. Командой visudo открываем файл /etc/sudoers и добавляем туда пользователя user с предоставлением административных привелегий:
user ALL = (ALL) ALL , иначе получим ошибку при работе с sudo: user is not in the sudoers file. This incident will be reported

4. Теперь можно работать под user'ом с административными привилегиями, разово указав пароль от пользователя
user@debian:~$ sudo -i - сменит так же и домашний каталог пользователя на /root
[sudo] password for user:
root@debian:~#

Подробнее о su, su- и sudo:
https://www.altlinux.org/Su
https://help.ubuntu.ru/wiki/суперпользователь_в_ubuntu

А если все же есть необходимость работать непосредственно под root'ом, то инструкция по предоставлению root-доступа тут:
https://wiki.cishost.ru/index.php/Не_могу_зайти_в_SSH